Название заповедника происходит от городища Аркаим. Относится он к  синташтинско-аркаимской культуре так называемой «Страны Городов». Его открытию способствовали раскопки, проводимые в связи с планируемым затоплением долины. В результате раскопок было найдено уникальное городище, которое на несколько столетий старше греческой Трои. Поднялся шум, и затопление долины отменили.  

Слово «Аркаим» происходит от тюркского «арка» - спина, хребет. Назвали городище по названию горы. Еще Аркаимской (Аркаинской) называлась пустошь на картах 19 века. Городище не является первым из найденных в синташтинской культуре, поскольку ранее уже было найдено одно городище - Синташтинский комплекс, но оно было почти полностью смыто, и поэтому парк на его месте не образовался.

Городище Аркаим имеет четкую и красивую геометрическую структуру - круг,  в нем явно видны кольца стен, каждый внутренний круг разделен на секции, которых всего около шестидесяти. Кроме основных входов, главный из которых - на западе, имелись и фальшивые входы - лабиринты. В центре расположена ориентированная по сторонам света площадь, на которой отправлялись ритуалы и встречались горожане.  

  Есть гипотеза, что города Страны Городов и Аркаим, в частности, были ремесленными и жреческими центрами,  производившими вооружение. Уровень развития технологий для бронзового века у них был очень высокий. Например, установлено, что жители Аркаима плавили бронзу, используя простую и  гениальную технологию поддува из колодца, также город имел продуманную систему водоснабжения. 

Город просуществовал несколько столетий.  А потом его обитатели сожгли город и ушли. Ушли  жители Страны Городов, к слову, в том числе, на запад и юго-запад - что подтверждается археологическими находками в Поволжье и на Украине.